利用料金は、(1)共用設備等使用料、(2)研究基盤料相当額、(3)実費人件費相当額、(4)実費物件費相当額、(5)間接経費及び消費税の合計額となります。詳細は以下のとおりです。（本サイト内の各ページに記載している金額は、全て税抜金額です。）

(1) 共用設備等使用料

装置ごとに設定された時間単価に、利用時間を乗じた額になります。
共用設備等使用料の時間単価は多くの装置で11,000円～33,000円が標準単価となります。
また、利用者が中小企業（資本金1億円以下）は標準単価に対し50％割引、アカデミア（大学、公的研究機関、等）所属の場合とスタートアップ企業の場合は70%割引となります。

(2) 研究基盤料相当額（担当するNIMS定年制職員による技術料に相当）

当機構定年制職員が技術指導、技術代行等を行う場合に掛かる費用であり、定められた時間単価に、従事した時間を乗じた額になります。
技術指導の場合、研究基盤料の時間単価は16,000円～25,000円が標準単価となります。
技術代行の場合はその内容によって時間単価が異なりますが、目安として技術指導時間単価の1.1倍～3.0倍になり、技術難度、機構の果たす作業の度合いに応じて技術代行係数を乗じます。
また、研究基盤料も同様に、利用者が中小企業（資本金1億円以下）、アカデミア（大学、公的研究機関、等）スタートアップ企業所属の場合、時間単価が標準単価に対しそれぞれ50%割引、70%割引となります。

(3) 実費人件費相当額（担当するNIMS任期制職員の人件費に相当）

当機構任期制職員が技術指導、技術代行等を行う場合に掛かる費用であり、定められた時間単価に、従事した時間を乗じた額になります。
利用者の所属に関係なく、時間単価は1,500円～3,600円になります。

(4) 実費物件費相当額（利用に必要な物品(消耗品等)費に相当）

利用に際して必要となる物品（消耗品等）を当機構で準備する場合に掛かる費用となります。